Pakar ekologi politik dari IPB, Soeryo Adiwibowo, menyampaikan bahwa ANDAL pembangunan Bendungan Bener memiliki banyak kelemahan. Penggabungan dua kegiatan dalam satu ANDAL sebenarnya bisa dilakukan tetapi harus memisahkan dampak dua kegiatan ini secara berbeda. 

Tujuannya agar dinamika dampak potensial dapat digambarkan secara khusus sesuai dengan wilayah kegiatan. Hal yang sangat fundamental dalam penyusunan ANDAL adalah metode penelitiannya yang tidak valid dijadikan sebagai dasar pengambilan keputusan. 

Misalnya purposive sampling cenderung diukur dengan skala ordinal (1,2,3,4) yang memperhitungkan selisih antara besarnya dampak pembangunan dengan tanpa pembangunan bendungan dan penambangan. Hasil penjumlahan menjadi tidak valid dan tidak logis. 

Ia mengilustrasi kan, dampak terhadap kualitas air (minus 2) ditambah dampak terhadap kerusakan jalan (minus 3), lalu ditambah dampak terhadap peluang berusaha (+5) maka kalkulasi angka ini menjadi nol. Kekeliruan ini fundamental karena seolah-olah makna pembangunan bendungan dan penambangan dampaknya tak ada. 

Kekeliruan ini membuat dokumen ANDAL yang disusun tidak dapat menjadi acuan pengambilan keputusan. Izin lingkungan yang dikeluarkan Gubernur Jawa Tengah pun tidak valid secara akademik.

Sosiolog Universitas Negeri Jakarta, Abdul Mughis, mempertanyakan tujuan dan kepentingan siapa saja dalam proyek ini. Ia menyebutkan telah terjadi manipulasi legislasi dan partisipasi masyarakat dalam pembuatan kebijakan sehingga memicu konflik sosial.