Tak hanya itu berbagai kendala juga dihadapi untuk menangani permasalahan bencana banjir di antaranya: kebijakan desentralisasi, pengelolaan sumber daya yang tidak optimal serta tumpang tindih kewenangan antar sektor dan tingkatan.
 
“Rendahnya koordinasi antara pihak-pihak terkait dalam upaya menangani permasalahan banjir juga menjadi penyebab sulitnya mengatasi problem tersebut. Jika banjir terjadi saat pandemi persoalan akan makin kompleks baik terkait jarak fisik akan lebih sulit dilakukan dan kekurangan air bersih,” kata Ignas.
 
M. Fakhrudin, Peneliti Limnologi LIPI, juga menyoroti perlunya pengelolaan Daerah Aliran Sungai (DAS) Ciliwung untuk mengurangi banjir. DAS berfungsi sebagai sistem hidrologi. Kondisi DAS di Ciliwung semakin tahun semakin kritis, apalagi potensi banjir dari hulu semakin bertambah besar kuantitasnya. Perubahan penggunaan lahan akibat urbanisasi di Jabotabek, terutama di Bekasi dan Bogor, semakin memperparah banjir.
 
“Prinsipnya air hujan harus diresapkan sebanyak mungkin, sehingga mengurangi aliran sungai dan menambah cadangan air tanah secara masif. Peranan pemerintah dengan konsep zero run off telah mendukung ke arah tersebut. Ini menjadi kesempatan bagi Pemerintah Daerah dan masyarakat untuk berkolaborasi melakukan sesuatu yang kecil, namun efeknya sangat luas sekali, misalnya dengan membuat sumur resapan di setiap rumah warga. Tak hanya itu peningkatan fungsi hutan juga perlu dikontrol, termasuk pelestarian situ untuk pengendalian banjir,” katanya.
 
Kepala Balai Besar Wilayah Sungai Ciliwung Cisadane, Bambang Hidayah juga mengemukakan saat ini konsep penggulangan banjir Jabodetabek terbagi menjadi bagian hulu, tengah dan hilir. “Konsep hulu dilakukan dengan kegiatan reboisasi, pengelolaan embung, dam, dan bendungan. Konsep tengah dengan membangun kolam-kolam potensi dan sumur-sumur resapan  dan membutuhkan partisipasi masyarakat. Sedangkan konsep hilir dilakukan dengan membangun tanggul-tanggul, sedimentasi trap dan normalisasi sungai,” tuturnya.
 
Sejalan dengan itu Dudi Gardesi Asikin, Sekretaris Dinas Sumber Daya Air DKI Jakarta, mengatakan prinsip pengendalian banjir di Jakarta adalah dengan revitalisasi polder, pembangunan/peningkatan pompa, pembangunnan waduk/situ/embung di hulu, pembangunan tanggul sungai, pembangunan sungai resapan.

“Kegiatan rutin pengerukan, pengurasan, pembangunan sumur resapan. Selain itu terdapat program grebek lumpur,” terangnya.
 
Untuk wilayah Bogor, menurut R. Soebiantoro, Kepala Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang Kabupaten Bogor, juga telah melakukan upaya fisik dan non fisik  untuk mencegah banjir di tahun 2020.

“Prinsipnya sama seperti program-program yang telah dilakukan. Secara non-fisik dilakukan penyusunan RT-RW, penyusunan zonasi, pengaturan garis sepadan mengatur drainase dan perizinan dan penyusunan instrumentasi pengendalian pemanfaatan ruang sekitar sungai. Sedangkan secara fisik dilakukan pembangunan dan pemeliharaan situ, pemeliharaan ruang terbuka hijau, rehabiitasi saluran irigasi, dan pembuatan umur resapan,” katanya.